GAPDH，或甘油醛-3-磷酸脫氫酶，是糖酵解反應中的一個酶，廣泛分布于各種組織中的細胞，其表達量通常恒定，因此被廣泛用作抽提total RNA，poly(A)+ RNA，Western blot等實驗操作的標準化的內參。然而，線粒體蛋白組是指細胞、組織、器官或機體線粒體中的全部蛋白質，這些蛋白質具有特定的功能和結構，參與線粒體諸多重要的生理化學反應。

考慮到內參的選擇通常基于其在不同樣品和條件下的表達穩定性，以及其與目標蛋白在細胞定位和功能上的相對獨立性，線粒體蛋白與GAPDH在細胞中的定位和功能存在顯著差異。線粒體蛋白主要定位于線粒體，而GAPDH則主要參與糖酵解過程，并不直接參與線粒體的功能。因此，盡管GAPDH可以作為細胞總蛋白的內參，但在研究線粒體蛋白時，可能并不是理想的內參選擇。

對于線粒體蛋白的研究，更推薦使用與線粒體功能和結構更為相關的內參。例如，常用的線粒體內參抗體有COX IV或VDAC1等，它們能夠更準確地反映線粒體蛋白的表達情況。這些內參的選擇有助于更精確地分析線粒體蛋白的表達水平，從而更深入地了解線粒體在細胞中的功能和作用。

綜上所述，雖然GAPDH可以作為細胞總蛋白的內參，但在研究線粒體蛋白時，更推薦使用與線粒體功能和結構更為相關的內參，如COX IV或VDAC1等。這樣可以更準確地反映線粒體蛋白的表達情況，從而更深入地研究線粒體的功能和作用。